Dal 1839 al 1927
 Dopo la riapertura del 1839, altre vicissitudini subentrarono.
La guerra del 1859 e quella del 1866, per esempio, videro il Tempio destinato ad usi profani.
Le cronache ci dicono che, comunque, altri lavori di ripristino, di conservazione e di abbellimento venivano compiuti. Per esempio:
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nel 1856 veniva restaurato il portale (nell'occasione
vennero tolte la croce e le statue di S. Lorenzo e S. Vincenzo);
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nel 1862 furono abbattute le casette a ridosso
del fianco orientale;
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nel 1895 vennero isolate le absidi.
Nel 1903 il Tempio venne chiuso perchè minacciava di crollare e necessitava ancora di radicali restauri strutturali. Questi furono avviati nel 1904 e durarono una decina d'anni.
Nel 1914 la riapertura, ricordata anche da un numero unico di Vicetiae Ars (con interventi di S. Rumor e G. De Mori) durò poco, perchè, con lo scoppio della prima guerra mondiale, la chiesa divenne magazzino di vettovaglie.
Il ritorno [dei francescani], per industria del P. M. Vittore Chialina Ministro della Provincia del santo, consenso e benedizione di Mons. Ferdinando Rodolfi vescovo di Vicenza, volontà del podestà Antonio Franceschini e desiderio del popolo, ebbe luogo il 29 ottobre 1927. (Sartori)
Una lapide immurata in sacrestia sopra la porta di accesso alla sala del capitolo testimonia l'evento.
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