Dal 1796 al 1839
 Con l'invasione napoleonica, Chiesa e convento furono trasformati in ospedale militare. Gli arredi furono saccheggiati, distrutti alcuni altari, asportate le argenterie.
Successivamente la chiesa fu adibita a fienile, il convento divenne quartiere di soldati e il chiostro e l'orto furono trasformati in forni.
I Frati continuarono il loro apostolato nell'Oratorio della Concezione.
Nel 1798, vista l'impossibilità di tornare a S. Lorenzo, ottennero in affitto il convento e la chiesa dei Servi.
Nel 1806 un decreto obbliga i religiosi a lasciare la città e portarsi a Padova. A Vicenza restano solo tre frati.
Nel 1810 con il decreto di Compiegne, Napoleone ordina la soppressione degli Ordini religiosi superstiti. I tre frati lasciano il saio, ma continuano il ministero di sacerdoti. Due restano a Vicenza fino alla morte (1813 e1820), il terzo si trasferisce a Padova (1826)
Nel 1836, dopo lunghe trattative (De Mori), S. Lorenzo, in condizioni miserevoli, viene comperata dal Comune e si provvide finalmente al suo radicale restauro.
Il 10 agosto 1839 il Tempio fu riaperto.
Molti i cambiamenti, registrati da una litografia di G. Pividor pubblicata per l'occasione, riproducente l'interno con la nuova disposizione di altari e monumenti.
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